Die Sitter durchfliesst auf ihrem mehr als 70 km langen Weg von der Quelle im Alpsteingebiet bis zur Mündung in die Thur bei Bischofszell verschiedene geologisch-tektonische Einheiten (Helvetikum, subalpine und mittelländische Molasse), die wichtige Merkmale des Flusses prägen (Abb. 1).

Das Einzugsgebiet der Sitter umfasst ca. 340 km². Höchster Punkt ist der Säntis mit 2502 m ü. M. Die Mündung bei Bischofszell liegt auf 470 m ü. M. Abschnittsweise weist das Abflussregime Wildbachcharakter auf. Niederschläge führen zu rasch ansteigenden Abflussspitzen, die schnell wieder abklingen.

Am Sitterlauf befinden sich zwei Abflussmessstationen (Appenzell und St. Gallen-Bruggen / Au) des Bundesamts für Umwelt. Diese zeichnen die Abflussmengen (Abb. 2) und weitere Daten seit 1923 bzw. 1981 auf. Die kantonale Messstation in Wittenbach zeichnet Wasserstände und Wassertemperaturen auf.