Abwasserreinigung
Die Sitter dient einem erheblichen Teil der Kantone Appenzell I.Rh. und A.Rh., eines Teils der Stadt St. Gallen, Industriegebiet Ost Gossau und der Gemeinde Gaiserwald als Einleitungsgewässer für das gereinigte Abwasser. Aus dem Kanton Thurgau gelangen kein geklärtes Abwasser in die Sitter. Über 95% der Liegenschaften im Einzugsgebiet sind an die kommunalen Kläranlagen angeschlossen. Die ARA Appenzell mit 20’000 Einwohnergleichwerten (EG) ist seit 2019 die einzige Anlage des Innerrhoder-, die ARA Bühler-Gais (12’500 EG) sind die wichtigsten des Ausserrhoder Gebiets. In St. Gallen gelangt das gereinigte Abwasser des Westteils der Stadt, der Gemeinde Gaiserwald und Gossau in die ARA St. Gallen-Au (88’000 EG). Seit 2000 wurden bei den ARA entlang der Sitter zahlreiche Ausbauten und Neuerungen umgesetzt, mit dem Effekt, dass heute die Wasserqualität der Sitter als gut bezeichnet werden kann. Die wichtigsten noch geplanten Massnahmen sind der Anschluss der ARA Teufen (Teufen, Stein, Hundwil) an die ARA St. Gallen-Au und die Erweiterung der ARA St. Gallen-Au mit einer Stufe zur Elimination von Mikroverunreinigungen.

Kanalnetze
Die Sittergemeinden im Kanton Appenzell A.Rh. werden mehrheitlich im Trennsystem ent­wässert, während in Appenzell I.Rh. und in der Stadt St. Gallen mehrheitlich das Misch­system umgesetzt ist. Häusliche, industrielle und gewerbliche Abwasser werden hier ge­meinsam mit Niederschlagswasser von befestigten Flächen (Dächer, Strassen, Plätzen) zur zentralen Kläranlage geleitet. Dies hat zur Folge, dass bei Regenwetter Mischabwasser in die Gewässer entlastet werden muss. Im Rahmen der generellen Entwässerungsplanungen der Gemeinden (GEP) wurden bereits und werden weiterhin zahlreiche Massnahmen zur Trennung des Abwassers vom Regenwasser getroffen.