Die Nutzungen im Einzugsgebiet der Sitter sind vielfältig. Neben den Siedlungsbereichen und den Industriegebieten wird ein Teil des Landes durch die Landwirtschaft genutzt. Die intensive Landwirtschaftsnutzung beeinträchtigt vor allem die kleinen Fliessgewässer, die mit ihrer geringen Wasserführung Schadstoff- oder Gülleeinträge nur in geringem Masse verdünnen können. Auch wenn die Zahl der Betriebe in den letzten 20 Jahren gesunken ist, sind die Tierbestände gleich gross geblieben. Die Sitter selbst führt viel Wasser, sodass die stoffliche Belastung verdünnt wird und die in der Sitter lebenden Tiere und Pflanzen nur noch in geringem Masse beeinträchtigt. Steigende Temperaturen und zunehmende Wasserentnahmen können das fragile Ökosystem der Sitter in Zukunft verstärkt unter Druck bringen.